Please use this identifier to cite or link to this item: http://artemis.cslab.ece.ntua.gr:8080/jspui/handle/123456789/13762
Title: Τρισδιάστατη Παλινδρόμηση Δεδομένων Γονιδιακής Έκφρασης Με Τη Χρήση Γραμμικών Και Μη-γραμμικών Συναρτήσεων.
Authors: Florida Piro
Κουτσούρης Διονύσιος-Δημήτριος
Keywords: οξεία λεμφοβλαστική λευχαιμία
ανάλυση μικροσυστοιχιών dna
αντίσταση γλυκορτικοειδών
γονίδια
χρωμοσώματα
matlab
τρισδιάστατη δομή
ανάλυση παλινδρόμησης
σειρά ccrf-cem.
Issue Date: 24-May-2018
Abstract: Η τεχνολογία των μικροσυστοιχιών DNA βρίσκει ευρεία χρήση στην ανάλυση της συγκριτικής μελέτης μεγάλου αριθμού γονιδίων, συμβάλλοντας με τον τρόπο αυτό σε μία σφαιρικότερη θεώρηση των βιολογικών συστημάτων. Η προσέγγιση αυτή διευρύνει τους ορίζοντες της μοριακής έρευνας, προσφέροντας πολύτιμες πληροφορίες για τους μοριακούς μηχανισμούς που οδηγούν στην ανάπτυξη, διάγνωση και πρόγνωση ασθενειών. Ειδικότερα στη διερεύνηση της λευχαιμίας, η χρήση των μικροσυστοιχιών DNA θα μπορούσε να διευκολύνει την επίτευξη τόσο ερευνητικών, όσο και κλινικών στόχων.Στην παρούσα εργασία χρησιμοποιήσαμε δεδομένα από προηγούμενα πειράματα, που αφορούσαν στον προσδιορισμό των πρώιμων αποτελεσμάτων της γονιδιακής έκφρασης της πρεδνιζολόνης στην κυτταρική σειρά CCRF-CEM. Απώτερος σκοπός ήταν η αναγνώριση των υποψηφίων γονιδίων για μελλοντικούς μοριακούς στόχους φαρμάκων σε συνδυασμένη θεραπεία με γλυκοκορτικοειδή, κατά μήκος με πρώιμους δείκτες για αντίσταση σε γλυκοκορτικοειδή.Σαν επόμενο στάδιο, δημιουργήσαμε μια τρισδιάστατη δομή, αποτελούμενη από γονίδια, δείγματα και χρωμοσώματα, διαχωρίζοντας τα γονίδια ανά χρωμοσωμικό ζεύγος. Έπειτα πραγματοποιήσαμε τρεις πιθανές τομές του κύβου: (α) κατά τον άξονα των χρωμοσωμάτων, (β) κατά τον άξονα των γονιδίων και (γ) κατά τον άξονα των δειγμάτων. Στη συνέχεια εφαρμόσαμε την μέθοδο της απλής γραμμικής παλινδρόμησης στον καθένα από τους τρεις άξονες του τρισδιάστατου κύβου. Η μελέτη αφορούσε την ανάλυση των διαγραμμάτων διασποράς και την αναζήτηση μαθηματικών τύπων για την περιγραφή της σχέσης μεταξύ των δύο μεταβλητών που εξετάζονται κάθε φορά, έτσι ώστε να απομονώσουμε τις ομάδες γονιδίων που παρουσιάζουν κοινό προφίλ έκφρασης. Όλα τα παραπάνω υλοποιήθηκαν με χρήση της γλώσσας προγραμματισμού ΜATLAB.Στο τρίτο μέρος της εργασίας διαχωρίσαμε τα διαγράμματα διασποράς των παλινδρομήσεων με βάση τις τομές που πραγματοποιήθηκαν στον τρισδιάστατο κύβο. Όπως παρατηρήσαμε πολλά ήταν τα ζεύγη μεταβλητών που μελετήσαμε και είχαν μεγάλο βαθμό συσχέτισης μεταξύ τους.
URI: http://artemis-new.cslab.ece.ntua.gr:8080/jspui/handle/123456789/13762
Appears in Collections:Διπλωματικές Εργασίες - Theses

Files in This Item:
File SizeFormat 
DT2018-0090.pdf14.42 MBAdobe PDFView/Open


Items in Artemis are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.