Please use this identifier to cite or link to this item:
http://artemis.cslab.ece.ntua.gr:8080/jspui/handle/123456789/13762
Title: | Τρισδιάστατη Παλινδρόμηση Δεδομένων Γονιδιακής Έκφρασης Με Τη Χρήση Γραμμικών Και Μη-γραμμικών Συναρτήσεων. |
Authors: | Florida Piro Κουτσούρης Διονύσιος-Δημήτριος |
Keywords: | οξεία λεμφοβλαστική λευχαιμία ανάλυση μικροσυστοιχιών dna αντίσταση γλυκορτικοειδών γονίδια χρωμοσώματα matlab τρισδιάστατη δομή ανάλυση παλινδρόμησης σειρά ccrf-cem. |
Issue Date: | 24-May-2018 |
Abstract: | Η τεχνολογία των μικροσυστοιχιών DNA βρίσκει ευρεία χρήση στην ανάλυση της συγκριτικής μελέτης μεγάλου αριθμού γονιδίων, συμβάλλοντας με τον τρόπο αυτό σε μία σφαιρικότερη θεώρηση των βιολογικών συστημάτων. Η προσέγγιση αυτή διευρύνει τους ορίζοντες της μοριακής έρευνας, προσφέροντας πολύτιμες πληροφορίες για τους μοριακούς μηχανισμούς που οδηγούν στην ανάπτυξη, διάγνωση και πρόγνωση ασθενειών. Ειδικότερα στη διερεύνηση της λευχαιμίας, η χρήση των μικροσυστοιχιών DNA θα μπορούσε να διευκολύνει την επίτευξη τόσο ερευνητικών, όσο και κλινικών στόχων.Στην παρούσα εργασία χρησιμοποιήσαμε δεδομένα από προηγούμενα πειράματα, που αφορούσαν στον προσδιορισμό των πρώιμων αποτελεσμάτων της γονιδιακής έκφρασης της πρεδνιζολόνης στην κυτταρική σειρά CCRF-CEM. Απώτερος σκοπός ήταν η αναγνώριση των υποψηφίων γονιδίων για μελλοντικούς μοριακούς στόχους φαρμάκων σε συνδυασμένη θεραπεία με γλυκοκορτικοειδή, κατά μήκος με πρώιμους δείκτες για αντίσταση σε γλυκοκορτικοειδή.Σαν επόμενο στάδιο, δημιουργήσαμε μια τρισδιάστατη δομή, αποτελούμενη από γονίδια, δείγματα και χρωμοσώματα, διαχωρίζοντας τα γονίδια ανά χρωμοσωμικό ζεύγος. Έπειτα πραγματοποιήσαμε τρεις πιθανές τομές του κύβου: (α) κατά τον άξονα των χρωμοσωμάτων, (β) κατά τον άξονα των γονιδίων και (γ) κατά τον άξονα των δειγμάτων. Στη συνέχεια εφαρμόσαμε την μέθοδο της απλής γραμμικής παλινδρόμησης στον καθένα από τους τρεις άξονες του τρισδιάστατου κύβου. Η μελέτη αφορούσε την ανάλυση των διαγραμμάτων διασποράς και την αναζήτηση μαθηματικών τύπων για την περιγραφή της σχέσης μεταξύ των δύο μεταβλητών που εξετάζονται κάθε φορά, έτσι ώστε να απομονώσουμε τις ομάδες γονιδίων που παρουσιάζουν κοινό προφίλ έκφρασης. Όλα τα παραπάνω υλοποιήθηκαν με χρήση της γλώσσας προγραμματισμού ΜATLAB.Στο τρίτο μέρος της εργασίας διαχωρίσαμε τα διαγράμματα διασποράς των παλινδρομήσεων με βάση τις τομές που πραγματοποιήθηκαν στον τρισδιάστατο κύβο. Όπως παρατηρήσαμε πολλά ήταν τα ζεύγη μεταβλητών που μελετήσαμε και είχαν μεγάλο βαθμό συσχέτισης μεταξύ τους. |
URI: | http://artemis-new.cslab.ece.ntua.gr:8080/jspui/handle/123456789/13762 |
Appears in Collections: | Διπλωματικές Εργασίες - Theses |
Files in This Item:
File | Size | Format | |
---|---|---|---|
DT2018-0090.pdf | 14.42 MB | Adobe PDF | View/Open |
Items in Artemis are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.