Δημιουργία Εργαλείου Βιοπληροφορικής Για Την Αυτόματη Επεξεργασία Και Συλλογή Βιβλιογραφικών Πληροφοριών Αποτελεσμάτων Φασματογραφίας Μάζας

Abstract

Καθώς τα βιολογικά δεδομένα πολλαπλασιάζονται συνεχώς, έγινε επιτακτική η χρήση μεθόδων ανάλυσης δεδομένων σε μεγάλη κλίμακα. Όσον αφορά τα πρωτεϊνικά δεδομένα, η τεχνολογία που με την ανάπτυξή της επέτρεψε στους ερευνητές να επεξεργάζονται μεγάλους όγκους πληροφορίας είναι η φασματογραφία μάζας. Με τη χρήση των φασματογράφων μάζας μπορούμε να προσδιορίσουμε επακριβώς τις υπάρχουσες πρωτεΐνες σε ένα άγνωστο δείγμα. Σκοπός αυτής της διπλωματικής εργασίας είναι η δημιουργία μιας εφαρμογής, που επεξεργάζεται αυτόματα τα αποτελέσματα φασματογραφίας μάζας και εξάγει βιβλιογραφικές πληροφορίες για τις πρωτεΐνες που βρέθηκαν από βιολογικές βάσεις δεδομένων και συγκεκριμένα τις «UniProt», «InterPro», «AmiGO!».Η αυτόματη συλλογή πληροφοριών είναι πολύ σημαντική, δεδομένου του ότι είναι πολύ χρονοβόρα αν γίνεται για κάθε μία από τις πρωτεΐνες ξεχωριστά.Η υλοποίηση της εφαρμογής έγινε με τη χρήση της γλώσσας Perl ενώ χρησιμοποιήθηκε το MySQL Σύστημα Διαχείρισης Βάσης Δεδομένων κι ο Apache Web Server.