Προηγμένες Υπηρεσίες Αναζήτησης Και Διαχείρισης Δεδομένων Στις Βιοεπιστήμες

Abstract

Η διατριβή πραγματεύεται ζητήματα αναζήτησης και διαχείρισης δεδομένων στις Βιοεπιστήμες. Αφετηρία είναι η μελέτη δύο σημαντικών προβλημάτων, (α) της πρόβλεψης, σε πραγματικό χρόνο, των γονιδίων-στόχων που έχει ένα μόριο micro-RNA και (β) της αποδοτικής στοίχισης γονιδιωματικών αναγνωσμάτων που προέρχονται από μηχανές ακολουθιοποίησης νέας γενιάς. Σχετικά με την πρόβλεψη γονιδίων-στόχων, αναπτύχθηκαν έξυπνες τεχνικές επιτάχυνσης για την αναζήτηση ακολουθιών που απαιτείται και υλοποιήθηκαν συστήματα βασισμένα στην τεχνολογία Νέφους για την κατανεμημένη εκτέλεση των απαραίτητων υπολογισμών. Έτσι έγινε εφικτή η πρόβλεψη στόχων microRNA σε σχεδόν πραγματικό χρόνο. Επίσης αναπτύχθηκαν διαδικτυακά εργαλεία για την διευκόλυνση των ερευνητών που ασχολούνται με τα μόρια microRNA και τα πιθανά γονίδια-στόχους τους. Σε σχέση με τη στοίχιση γονιδιωματικών αναγνωσμάτων, αναπτύχθηκε μια νέα δομή ευρετηρίου που μπορεί να ανταπεξέλθει τόσο στους μεγάλους ρυθμούς παραγωγής αναγνωσμάτων που εισάγουν οι μηχανές ακολουθιοποίησης νέας γενιάς, όσο και στις δυσκολίες που εντοπίζονται κατά την στοίχιση εξαιτίας του μεγάλου μήκους και της χαμηλής αξιοπιστίας που έχουν τα αναγνώσματα που παράγονται από αυτές τις μηχανές.